VASPy一个面向对象的VASP文件处理库

放假在家可以写写以前的想法，把vasp中的文件写成python对象，这样既系统有方便写脚本。就在github上开了个repo，目前写了几个文件的class,其中包含处理MaterialStudio的xsd类xml文件的类。不断更新,欢迎使用vasp的小伙伴们star,fork贡献出自己的一份力。
库链接：Processing VASP files with Python - VASPy

软件包介绍

An object-oriented VASP file processing library.

Make it easier to process VASP files.

处理VASP文件从未如此 灵活 简单

命令行处理DOS文件使用举例：

#处理分割好的DOS文件
>>> from vaspy.electro import DosX
>>> a = DosX('DOS1')
>>> b = DosX('DOS8')

#分波态密度合并
>>> c = a
>>> c.reset_data()              # 初始化DOS数据
>>> for i in xrange(1, 10):
>>>    c += DosX('DOS'+str(i))  # 循环合并DOS数据
>>> ...
>>> c.data                      # 以float矩阵显示合并后的数据
                                # 可直接进行计算等操作
>>> c.tofile()                  # 生成新的合并后的DOS文件

#绘图
>>> c.plotsum(0, (5, 10))       # 绘制d轨道pDOS图

绘制结果:

处理ELFCAR举例:

>>> from vaspy.electro import ElfCar
>>> a = ElfCar() 
>>> a.plot_contour()   # 绘制等值线图
>>> a.plot_mcontour()  # 使用mlab绘制等值线图(需安装Mayavi)
>>> a.plot_contour3d() # 绘制3d等值线图
>>> a.plot_field()     # 绘制标量场

绘制结果:

3D 等值线图

scalar field

charge difference(use ChgCar class)

操作XDATCAR举例

>>> from vaspy.atomco import XdatCar
>>> xdatcar = XdatCar()
>>> # 输出xdatcar相应Cartesian坐标
>>> for step, data in xdatcar:
>>>     print step
>>>     print xdatcar.dir2cart(xdatcar.bases, data)
>>> # 可直接运行script/中脚本生成相应.arc文件用于MaterialStudio显示动画
>>> python xdatcar_to_arc.py

动画实例

使用者可以编写自己的脚本来批处理VASP文件

Comments

2015-08-12
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