Kynetix的kmc_plotter

为了显示kMC模拟的表面动态演化过程,给Kynetix的plotters中新增了

• kmc_plotter.py, 其中的KMCPlotter是ModelShell的子类，实例化model对象的绘制工具。
• grid_plot.py， 提供绘制网格和圆圈的函数（适合小型网格，例如10x10、5x5）
• scatter_plot.py， 提供使用绘制散点图的方式绘制网格（适合大型的网格，例如200x200）
• images2gif.py， 负责将多个图片合并成动态gif的模块。

kmc_plotter.py中的KMCPlotter类中的plot_traj方法，是通过读取Kynetix运行自动生成的auto_trajectory.py文件的数据并使用网格或者散点的方式生成一系列的静态图片，也就是相应的轨迹图。

关于images2gif.py这个模块，是直接使用的现成的别人写好的模块(https://pypi.python.org/pypi/images2gif),但是一开始用的时候不知道为什么总是在合并的时候报错，去stackoverflow上面求助才知道新版本本来就会有这个问题，某个人提供的某个版本是可以的，于是我也就将这个版本直接复制过来放到了Kynetix中，以便能够稳定的绘图。

贴上绘制的效果(240x240):