关于KMCLib中的Move

void Configuration::performProcess(Process & process,
                                   const int site_index,
                                   const LatticeMap & lattice_map)
{
    // PERFORMME
    // Need to time and optimize the new parts of the routine.

    // Get the proper match lists.
    // 同时获取相对应的两个minimal_match_list的迭代器用于遍历容器
    const std::vector<MinimalMatchListEntry> & process_match_list = process.minimalMatchList();
    const std::vector<MinimalMatchListEntry> & site_match_list    = minimalMatchList(site_index);

    // Iterators to the match list entries.
    std::vector<MinimalMatchListEntry>::const_iterator it1 = process_match_list.begin();
    std::vector<MinimalMatchListEntry>::const_iterator it2 = site_match_list.begin();

    // Iterators to the info storages.
    std::vector<int>::iterator it3 = process.affectedIndices().begin();
    std::vector<int>::iterator it4 = moved_atom_ids_.begin();
    std::vector<Coordinate>::iterator it5 = recent_move_vectors_.begin();

    // Reset the moved counter.
    n_moved_ = 0;

    // Loop over the match lists and get the types and indices out.
    for( ; it1 != process_match_list.end(); ++it1, ++it2)
    {
        // Get the type out of the process match list.
        // 这里应该被更新的元素类型，
        // 如果process没有改变类型则与(*it2).match_type的值是相同的
        const int update_type = (*it1).update_type;

        // Get the index out of the configuration match list.
        // 这个元素在全局晶格中的索引值，因为之后的所有操作都离不开这个索引值来定位，
        // 都是在这个位置上进行一系列操作的
        const int index = (*it2).index;

        // NOTE: The > 0 is needed for handling the wildcard match.
        // 如果类型的确是发生了改变，就需要更新一系列的数据
        if (types_[index] != update_type && update_type > 0)
        {
            // Get the atom id to apply the move vector to.
            // 获取原本位置上的元素的id号
            const int atom_id = atom_id_[index];

            // Apply the move vector to the atom coordinate.
            // 由于发生了移动，这个id的元素的位置要进行更新
            atom_id_coordinates_[atom_id] += (*it1).move_coordinate;

            // Set the type at this index.
            // 修改全局晶格的信息
            // 以前晶格位置上的类型进行更新
            types_[index]    = update_type;  
            elements_[index] = type_names_[update_type];

            // Update the atom id element.
            // 这里主要是针对直接替换掉的元素而不是移动造成的元素变更
            // 正常通过移动是无法改变id对应元素类型的
            if (!(*it1).has_move_coordinate)
            {
                atom_id_elements_[atom_id] = elements_[index];
            }

            // Mark this index as affected.
            // 下面这些都是记录一些信息

            // 这个process改动了的全局晶格索引
            (*it3) = index;
            ++it3;

            // Mark this atom_id as moved.
            // 哪些元素被移动了
            (*it4) = atom_id;
            ++it4;
            ++n_moved_;

            // Save this move vector.
            // 保存相应元素的移动坐标，如果是直接替换这里应该是(0.0, 0.0, 0.0)
            (*it5) = (*it1).move_coordinate;
            ++it5;
        }
    }

    // 下面的操作时用来更新atom_ids_
    // 由于元素通过process进行了位置的移动，相应的atom_ids中的顺序也要进行及时的更新
    // Perform the moves on all involved atom-ids.
    const std::vector< std::pair<int,int> > & process_id_moves = process.idMoves();

    // Local vector to store the atom id updates in.
    // 这个pair里面放了关于什么元素移动到了哪里的信息，例如
    // <元素id, 移动到的晶格索引号（也就是位置）>
    std::vector<std::pair<int,int> > id_updates(process_id_moves.size());

    // Setup the id updates list.
    for (size_t i = 0; i < process_id_moves.size(); ++i)
    {
        const int match_list_index_from = process_id_moves[i].first;
        const int match_list_index_to   = process_id_moves[i].second;

        // 获取在全局晶格中跳动的起始位置和终点位置（这里都是用索引号确定的）
        const int lattice_index_from = site_match_list[match_list_index_from].index;
        const int lattice_index_to   = site_match_list[match_list_index_to].index;

        id_updates[i].first  = atom_id_[lattice_index_from];  // 什么元素（id号）
        id_updates[i].second = lattice_index_to;              // 移动到了全局的哪里（全局索引号）
    }

    // Apply the id updates on the configuration.
    for (size_t i = 0; i < id_updates.size(); ++i)
    {
        const int id    = id_updates[i].first;
        const int index = id_updates[i].second;

        // Set the atom id at this lattice site index.
        atom_id_[index] = id;                      // 跳到的地方把元素id更新
        atom_id_elements_[id] = elements_[index];  // 更新元素相应的元素类型，感觉没必要？

    }
}