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SWIG有一个简单规则就是

Everything else is a pointer

即除了基本的类型以外的其他数据类型，swig全部通过指针来处理。大致过程就是将操作C/C++中的结构，类，数组等是通过操作指向这些数据的指针操作，封装成python的数据也是一个包含指针信息的python对象。
C/C++的指针在python中是通过一个特殊的对象来保存的，在python中的变量保存的C/C++的数组以及类对象其实就是保存的这些指针对象，然后封装函数也是操作指针来操作真正的结构和数组等对象。

由于之前看的是《Python科学计算》上面关于swig的简单介绍，上面说了如何在python中如何像类一样的使用C结构，但是也只是停留在如何使用结构的成员数据上，但是没有讲如何将C的函数封装成python的类方法的方法。相反由于C++有原生OOP的支持，固然swig直接可以将C++的类封装成python的类。所以我以前一直认为这时候只能用C++了。
但其实，还是读书读的少啊。swig这么强大的封装工具，这早就想到了。毕竟OO是一种思想，C照样能写出OO的代码来（多重继承和多态这种行么？）。

所以今天看到swig文档中关于%extend指令的介绍才感觉相见恨晚啊。

由于CMake与SWIG的相互支持，使得在cmake脚本中直接定义封装模块的构建成为可能，KMCLib中也是使用这种方式直接使用swig进行自动封装。也就是在生成的Makefile中包含了使用swig命令封装库文件。

在这里我主要参考了swig文档中关于cmake的部分和cmake文档中使用swig的部分。

这不是我最早使用swig了，之前在写Kynetix的时候就使用了swig为python封装了C语言写的扩展模块。但是当时我对C++还不是很了解，对其中的一些概念也只是拿来直接用，没有理解到底是什么，为什么会有这种功能。所以昨天我又拿出了《python科学计算》这本书来温习了一下swig那一部分，果然对swig又有了新的认识。

对swig真正全的使用都在swig的文档中有详细的介绍，而且由于swig支持很多种语言，例如java、python、Tcl等，因此这份文档内容相当的丰富。由于现在还没有很好的中文资源，所以现在只能默默的看英文文档了。

这个类算是KMCLib中最后一个大类了，也回答了我在看代码之初有的很多疑问，例如如何更新匹配相关的信息，如何更新事件列表等。
这个类是没有成员数据的，可以把Matcher类看作是与匹配相关的函数的封装。

但是在头文件中却定义了两个相关的结构来存储操作信息：

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/// A minimal struct for representing a task with a rate.
struct RateTask
{
    int index;
    int process;
    double rate;
};


/// A minimal struct for representing a remove task.
struct RemoveTask
{
    int index;
    int process;
};

之前在看代码的时候就发现了这个问题，就是在初始化configuration的match_lists的时候，最后一步是为configuration分配内存空间，但是作者使用的是match_lists中的第一个minimal_match_list的长度来分配内存，这样就留下了数组越界的隐患，我写了个单元测试，测试了下，果然！
因为由于周期性边界条件的原因，第一个minimal_match_list可能并不是长度最长的


于是我就向leetmaa/KMCLib的主分支提交了自己的代码，今天他接受了我的pull requests。具体的pull request信息以及我做的bug修复就不多扯了，贴上github上的链接来好了：
Fix the out-of-bound bug by PytLab · Pull Request #5 · leetmaa/KMCLib