KinLab - 基于Flask+Bootstrap实现的用于微观动力学计算的web应用

前两周花了些时间给自己的动力学程序Kynetix和KMCLibX写了个web界面方便别人使用，目前程序完成了计算微观动力学的部分，并部署在了腾讯云上http://123.206.225.154:5000/, 程序命名为KinLab (https://github.com/PytLab/kynetix-webapp).

目前KinLab主要包含四个部分:

1. 文件系统
2. 模型定义
3. 模型计算
   生成结果报告

文件系统

文件系统这里我模仿jupyternotebook写的，因为着急实现主要的计算过程，这里一些常用的文件操作还没实现(后续有时间会加上)，正常可以在任何路径下创建或者打开一个作业设置界面。

同时在文件系统中可以查看文本文件的内容，若是非文本文件则会进行下载，其中代码高亮使用了rainbow插件显示。

模型创建

在创建模型的时候，程序会判断当前路径下是否已经存在模型相关的文件，如果存在则会打开现有的模型，否则创建一个空的设置面板。

模型设置面板的界面如下:

添加基元反应方程式

根据有无能垒的反应，可以自行选择，一下以包含能垒的反应式为例:

创建基元反应的弹窗，为了能对基元反应进行检测，我特地把化学方程式解析的部分独立出来成一个模块rxn-parser.js(https://github.com/PytLab/rxn-parser.js)

反应式存档

通过单击save可以将方程式信息保存到当前路径下

绘制energy-profile

当选中一个或者多个基元反应的时候，便可以绘制交互式的energy profile

其他相关功能在使用时可以进行尝试

模型参数

模型参数便是常用的求解微观动力学的参数，这里需要注意的是在添加好基元反应后，通过Load程序可以解析反应式中的物种并生成压强和总覆盖度表单。

作业计算

设置好模型后便可以Run了。程序会打开Running界面，并实时显示作业生成的日志

生成结果报告

报告会以图标和表格的方式显示:

其中包括ODE积分的轨迹图，稳态覆盖度，TOF以及可逆度。