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这两天由于一直在学习CMake相关的东西，没有把看的代码及时总结。特地现在补上。
Interaction类可以看作是process相应的集合，他在全局角度操作process。

成员数据

• std::vector<Process> processes_
  通过构造函数的参数传入，是所有能在lattice上面发生的process对象的集合。

• std::vector<Process*> process_pointers_
  存放指向processes_中process对象的指针，后面的函数都是在操作这个指针vector。

• std::vector<std::pair<double,int> > probability_table_
  这里叫做概率列表，其实里面并没有放于概率的数据，其中的pair的第一个entry放的是incremental rate，第二个entry放的是对应这个process能在当前lattice上面发生的位点的总数(也就是他的nSite数)。

• bool implicit_wildcards_
  是否使用通配符

• bool use_custom_rates_
  是否使用自定义速率

其他的几个成员数据目前还没有看到具体怎么用，先挖个坑，后面填。

这两天学习一下CMake的一点语法，为了以后能使用CMake跨平台构建项目。但是在为target添加共享库的时候，即使我在CMakeLists.txt中使用了LINK_DIRECTORIES()和TARGET_LINK_LIBRARIES()，

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ADD_EXECUTABLE(hellomain main.c)
SET(EXECUTABLE_OUTPUT_PATH ${HELLOMAIN_BINARY_DIR}/bin)

INCLUDE_DIRECTORIES(BEFORE /mnt/hgfs/CentOS_code/cmake_practice/t4/zjshao/include/hello)
LINK_DIRECTORIES(/mnt/hgfs/CentOS_code/cmake_practice/t4/zjshao/lib)

TARGET_LINK_LIBRARIES(hellomain libhello.so)

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/usr/bin/ld: cannot find -lhello

在github上面向别人的项目代码pull request的时候遇到了一个蛋疼的问题，问题都在一个字符上面就是^M，我的代码虽然只修改了几行代码，但是使用git diff的时候发现整个文件全部修改了。

原因就是我修改的文件在每一行末尾都新增了一个^M字符，这样就导致每一行都和以前不同diff的时候自然就全部不同了，这样就非常的蛋疼，向别人项目中pull request的时候一整片红色和一整片绿色，别人包括我自己都不知道我到底是修改的哪一部分，感觉像是在捣乱的。。。像这样的pull request人家才不会给我merge呢。

真是太不好意思了，诶…效果就是这蛋疼的下图：

这个类由于在之前都有提及到，而且已经针对其中重要的成员函数进行了分析，在这里就不多扯了。
总之这个类是独立于晶格LatticeMap类的类型类，我还剩听佩服作者这样抽象的，这样如果后面我想加入多位点的话，也可以独立于晶格之外描述多位点的类，这样实现起来耦合量可以尽量减小。

其实这里我一直有个疑问，不知道看完全部代码的时候能不能找到答案，就是在performProcess()函数中：

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void Configuration::performProcess(Process & process,
                                   const int site_index,
                                   const LatticeMap & lattice_map)

move来源于process并作用于configuration。

Process中的move相关

Process中与move相关的变量：

• std::vector<int> move_origins
  说明在process中那些元素是在process发生时有移动的，(0, 1)的话就是指第一个（中心）和第二个元素发生了移动。

• std::vector<Coordinate> move_vectors
  对应move_origin的元素移动的向量。

• std::vector< std::pair<int,int> > id_moves_
  用于描述元素移动前后位置的变化，通过元素在process中的minimal_match_list中的索引号来表示，例如
  id_moves_[0]中存放着两个值 (1, 4)，则就说明在minimal_match_list中的第1号元素（也就是第二个）通过process的作用之后会移动到第4号位置上。

match_list是由MinimalMatchList类对象组成的vector。

MinimalMatchListEntry类

这其实是一个结构，用于存储每个位点相关的信息，或者说每个minimal_match_list中的元素。

• bool has_move_coordinate;
  用于标记这个元素是否移动，
  通常在创建process对象时候提供了move_origin和move_vector时会将此值设为true;

• Coordinate move_coordinate;
  这个元素如果有移动，他的移动向量，
  通常在创建process对象时候提供了move_origin和move_vector时会将此值设为move_vector中的值。

• int match_type;
  主要用于process中，存储process之前的元素类型int

• int update_type;
  主要用于process中，存储process之后的元素类型int