这算是Kynetix能量读取部分的第三次比较大的更新了，之前有提到过，模型已经兼容相对能量的输入文件（ 详情）。
虽然读取的是相对能量，但是程序内部我还是使用矩阵进行了线性方程组的求解来将求出每个物种相对于参考态的能量来作为generalized formation energy。
可是这就遇到了一个问题，
今天忽然发现博客的标签(tag)以及目录(category)涉及到分页的话会显示不全，我发现之所以显示不全是和hexo中的_config.yml文件中的1
per_page: 6
参数有关，per_page设成多少就只显示多少个post。
之前Kynetix代码几乎全部是使用Python写的，使用了KMCLib(Python + C++)之后，在进行主体KMC循环的时候效率得到了明显的提升，但是在刚刚完成on-the-fly分析部分代码以后开始跑程序，明显感觉程序异常的慢，因为kmc写到现在真心感受到kMC程序真心是个compute intense的活，其中没有用到矩阵运算，没有用到什么传统的优化算法，
为了显示kMC模拟的表面动态演化过程,给Kynetix的plotters中新增了
kmc_plotter.py, 其中的KMCPlotter是ModelShell的子类，实例化model对象的绘制工具。grid_plot.py， 提供绘制网格和圆圈的函数（适合小型网格，例如10x10、5x5）scatter_plot.py， 提供使用绘制散点图的方式绘制网格（适合大型的网格，例如200x200）images2gif.py， 负责将多个图片合并成动态gif的模块。目前Kynetix已经可以进行动力学蒙特卡洛(kMC)模拟，其中kMC核心计算部分我将KMCLib整合到其中(若要使用Kynetix，请根据KMCLib的文档自行编译KMCLib)，这次更新的内容比较多，主要在以下几个地方进行了更新：
kMC Parser, 负责将输入文件中的能量以及化学方程式进行解析kMC Solver, 这里是kMC模拟的核心，主要负责调用KMCLib的接口进行动力学蒙特卡洛计算，并对模拟进行On-the-fly分析（覆盖度，TOF等）kMC Plotter, 绘制表面形态的演化过程（可生成多图以及GIF动图）
由于许多动态的过程(dynamic evolution)，例如表面的生长或者材料的老化，时间的跨度都在s以上，超出了分子动力学模拟的范围，动力学蒙特卡洛模拟便是针对这种长时间尺度的动态模拟的。
Kinetic Monte Carlo attempts to overcome this limitation by exploiting the fact that the long-time dynamics of this kind of system typically consists of diffusive jumps from state to state. Rather than following the trajectory through every vibrational period, these state-to-state transitions are treated directly
